Một trong những viễn cảnh của phong trào Phục quốc Do Thái là thành lập một trường đại học Do Thái trên đất Do Thái. Việc quyên góp chotrường được đề xuất từ năm 1884 tại hội nghị Kattowitz (Katowice) của hội Hovevei Zion.

Lễ đặt viên đá đầu tiên diễn ra ngày 24 tháng 7 năm 1918. Bảy năm sau, ngày 1 tháng 4 năm 1925, cơ sở trên núi Scopus của trường được khánh thành với sự tham gia của các nhà lãnh đạo thế giới Do Thái, các học giả xuất sắc, các nhân vật của công chúng và các nhà lãnh đạo nước Anh, trong đó có bá tước Balfour, tử tước Allenby và Sir Herbert Samuel. Hiệu trưởng đầu tiên của trường là Judah Magnes.

Năm 1947, trường đại học đã trở thành một cơ sở nghiên cứu và giảng dạy lớn. Một kế hoạch xây trường y khoa được thông qua. Năm 1949, Khoa luật được khánh thành. Năm 1952, Viện nông nghiệp, vốn được sáng lập bởi trường trong năm 1940, chính thức trở thành một khoa.

Trong cuộc chiến Ả-rập - Israel năm 1948, các cuộc tấn công đã nhắm mục tiêu vào tuyến đường nối khu vực được Israel kiểm soát ở Jerusalem và trường đại học. Lãnh đạo các lực lượng Ả-rập ở Jerusalem, Abdul Kader Husseini, đe dọa sẽ tấn công bệnh viện Hadassah của trường "nếu người Do Thái còn tiếp tục dùng chúng làm căn cứ vũ trang". Sau cuộc thảm sát vào đoàn xe của bệnh viện Hadassah, trong đó 79 người Do Thái bao gồm các bác sĩ và y tá bị giết, cơ sở núi Socpus bị tách khỏi Jerusalem. Một binh sĩ Anh tên Jack Churchill đã tổ chức di tản 700 bác sĩ, sinh viên và bệnh nhân Do Thái ra khỏi bệnh viện.

Khi chính phủ Jordan từ chối không cho người Do Thái trở lại núi Scopus, một cơ sở mới được xây dựng tại Givat Ram ở phía Tây Jerusalem và hoàn thành năm 1958. Trong thời gian đó, các lớp học được tổ chức ở 40 địa điểm khác nhau trong thành phố. Tòa nhà Terra Santa ở Rehavia được thuê từ các giám sát dòng Phanxicô của hội Đất Thánh La Tinh cũng được dùng cho mục đích này. Một vài năm sau, cùng với Tổ chức y khoa Hadassah, một cơ sở khoa học y dược cũng được xây dựng tại khu Ein Kerem phía tây nam Jerusalem.

Đầu năm 1967, tổng số sinh viên là 12,500, phân bổ trong 2 cơ sở ở Jerusalem và Khoa nông nghiệp ở Rehovot. Sau sự thống nhất Jerusalem,theo sau cuộc chiến 6 ngày trong tháng 6 năm 1967, trường đại học đã có thể trở lại núi Scopus, cơ sở nơi đây được xây dựng lại. Năm 1981 công việc xây dựng được hoàn tất, cơ sở núi Scopus lại trở thành cơ sở chính của trường.

Trưa ngày 31 tháng 7 năm 2002, một tên khủng bố đã kích nổ một quả bom trong giờ ăn tại căn tin Frank Sinatra của trường, thời điểm đó có rất đông giảng viên và sinh viên. Chín người – năm người Do Thái, ba người Mỹ, một người mang hai quốc tịch Pháp – Mỹ - bị giết, hơn 70 người bị thương. Các nhà lãnh đạo trong đó có Kofi Annan, tổng thống Bush, chủ tịch liên minh châu Âu đã lên án cuộc khủng bố.

Khủng bố

vào ngày 31 tháng 7 năm 2002 ngay sau khi 13:30 tại một nhà hàng đông đúc đại học Frank Sinatra tại Scopus Campus đầu phát nổ một máy bay ném bom tự sát một người lao động Palestine từ Đông Jerusalem. Chín người, năm người Israel, ba người Mỹ và một công dân Hoa Kỳ và Pháp - bị giết trong cuộc tấn công. khác 85 người bị thương, 14 người trong số họ nghiêm trọng. Trách nhiệm về vụ tấn công đã ký Hamas.